O Conselho Científico é constituído por 25 membros e presidido pelo Vice-Reitor Artur Manuel Soares da Silva, por delegação de competências conferida pelo Reitor. Para além do presidente, têm assento neste órgão: 9 representantes dos professores e investigadores de carreira (7 do ensino universitário e 2 do ensino politécnico), 8 representantes dos restantes docentes e investigadores (4 do ensino universitário e 4 do ensino politécnico) e 7 coordenadores das unidades de investigação.